Las tareas de investigación recaen en los profesores-investigadores, quienes se aglutinan en torno a seis seminarios académicos.

Los Seminarios Académicos son grupos de profesores-investigadores que comparten un conjunto de preocupaciones y campos semánticos comunes, que impulsan líneas de investigación, mediante reflexiones, discusiones, metodologías y proyectos realizados de forma disciplinar o interdisciplinar.

Ciencias sociales y humanidades en torno a cuestiones y problemas de importancia para el Estado de México. Las líneas de investigación específicas son:
• Historia de la educación y la cultura
• Historia de los procesos económicos y sociopolíticos de la modernidad
• Historia e historiografía indígena del centro de México
• Historia sociopolítica y económica de México a escala regional
• Derechos, poder y desarrollo
• Estudios municipales y desarrollo local.
• Instituciones y políticas públicas.
• Estudios Urbanos Espaciotemporales:
• Estudios Territoriales: 
• Procesos políticos y marcos jurídicos para la construcción de gobernabilidad y gobernanza democráticas
• Formas de gobierno, prácticas políticas y sistemas democráticos

El Colegio, en función de sus requerimientos académicos y disponibilidad presupuestal, realiza la contratación de su planta académica, a través de convocatorias abiertas, con un riguroso y transparente proceso de selección. Las convocatorias son publicadas en redes sociales y página web institucionales.